科研经费的申请、审批、使用必须坚持灵活性、合理性、合法性相结合的原则，科研工作需要科研人员将主要精力集中在项目上，科研经费的申请、审批、使用不能为了监督而设置过多过繁的程序性规定，不能因为出现某些非法占有科研经费的现象，而无限制地加码科研经费的监督，必须在便于科研与有效监督之间选择合适的平衡点，掐准科研经费腐败的七寸，精准有力地进行监督。
科研经费有着一般国家专项资金的特点，也有专业性、知识性等特点，前者需要进行严格的审计，后者则需要成立专门的科研监督委员会进行专业性的监督。审计部门必须依照国家法规、审计准则和会计理论，运用专门的方法，对科研经费使用过程中的财务收支及相关资料的真实性、合规性、效益性进行审查和监督。但一个科研项目需要多少经费?科研经费是否花在刀刃上?科研成果是否达到预期目标?这些专业性极强的问题依靠审计、司法、媒体等力量来监督是无法胜任的，必须成立中立性的由相关领域的专家学者组成的专业监督委员会。专业监督委员会只对科研经费的申报材料及科研成果进行审查，守好出入口，防止科研项目申报小题大做、虚张声势，对科研成果进行严格验收，防止科研项目成果出现虎头蛇尾、弄虚作假。
相比较审计监督，专业监督更加重要。因为以学术为掩饰的腐败行为要比财务上的腐败更隐蔽，对科研工作的伤害更深。科研的专业性让其经费的申报使用具有了天然的隐蔽性，专业监督必须要求监督者终身负责，建议由科技部设立全国性的专家库，对申报材料和科研成果进行监督、验收，专家成员由科技部组织抽签，实现监督者与被监督者互不见面，严防打招呼说情。
还要建立科研项目信息公开制度。除涉及国家机密的之外，科研经费的申报使用特别是成果，都应该向社会公布。